Les compagnies d'Aeternum peuvent se déclarer la guerre. Lors d'une guerre, les joueurs de ces compagnies peuvent s'entretuer sans encourir les pénalités criminelles habituelles. Les guerres ont une durée définie et comprennent une phase d'avant-guerre, pour permettre à la compagnie attaquée d'effectuer des préparatifs.
Pendant la fenêtre de siège, la protection du territoire de la compagnie attaquée peut être ignorée par la compagnie attaquante. Durant cette période, la compagnie peut donc perdre sa revendication de territoire, même si elle a payé pour sa protection. Chaque compagnie doit s'assurer que la fenêtre de siège choisie permet à ses membres de prendre part à la défense durant cette période de vulnérabilité.
Pour plus d'informations au sujet des <a action="GoToPage" data="War_Overview">territoires et guerres</a>, un chapitre y est consacré dans ce guide.